Restitution Apprentis Chercheurs 19-20 d’Agathe Coffre

Restitution Apprentis Chercheurs 19-20 d’Agathe Coffre

Ce document a été produit par les jeunes Apprentis Chercheurs de la saison 2019-2020. Ce projet permet à des élèves du collège ou du lycée de découvrir la démarche scientifique et le milieu de la recherche auprès de professionnels, en immersion dans les laboratoires durant 8 à 10 demi-journées.
Pour plus d’information, voir ici.

Suite à la pandémie de SARS-Cov-2 et l’annulation des congrès Apprentis Chercheurs, l’association a proposé aux jeunes volontaires de conclure l’année par une restitution à distance de leurs travaux et de leur expérience. Cette production n’engage que son (ou ses) auteur(s) ; l’Arbre des Connaissances l’a reproduite ici sans modification ni correction et ne saurait donc être responsable des propos qui y sont tenus. Des inexactitudes peuvent en effet être présentes. Merci de votre compréhension et bravo à tous les Apprentis Chercheurs!

Par Agathe Coffre
Institut Pasteur
Lycée Buffon

Le virus EBLV-1 et les chauves-souris

Durant le stage d’Apprentis Chercheurs à l’Institut Pasteur, j’ai travaillé dans le secteur des virus. Plus précisément, le sujet initial auquel nous avons participé mon binôme et moi était  de comprendre les mécanismes d’infection du lyssavirus EBLV-1 (ou European bat lyssavirus type 1) dans des cellules de chauves-souris.

En effet, ce virus EBLV-1 est un virus du genre Lyssavirus. Il s’agit d’une espèce virale différente de celles qui circulent chez les carnivores terrestres (le virus de la rage), comme le chien ou le renard. Ce lyssavirus EBLV-1 circule notamment en France mais aussi en Europe dans certaines espèces de chauves-souris dont la principale est la Sérotine commune.

L’étude du virus, comment cela fonctionne ?

Aujourd’hui, les chercheurs ne savent pas réellement comment ce virus se comporte avec cette espèce de chauve-souris, qui est considérée comme son hôte animal naturel.

En Europe, nous ne pouvons pas faire d’expérimentation sur les chauves-souris de ce continent, car c’est une espèce protégée.

L’enjeu de ce projet était de pouvoir étudier ce virus, mais les conditions ne le permettant pas, les chercheurs avaient donc besoin de modèles cellulaires (ou modèles in vitro) pour étudier les mécanismes d’infection.

Le chercheur avec qui j’ai effectué mon stage a obtenu des lignées cellulaires de cette espèce de chauve-souris et il souhaitait donc les infecter avec le virus EBLV-1, le but étant de voir comment elles réagiraient à l’infection.

Après infection, les chercheurs auraient regardé les cellules sous microscope et auraient extrait le matériel génétique, notamment l’ARN. Après observation, on aurait ensuite ciblée notre étude sur la réponse immunitaire de la cellule à l’infection en observant l’expression de certains gènes liés à la réponse antivirale.

Pour finir, nous aurions comparé l’expression de ces gènes avec celle que l’on retrouve lors de l’infection avec ces cellules humaines, afin de voir s’il y a des différences.

En effet, une hypothèse grandissante est que les chauves-souris sont capables de contrôler l’infection de nombreux pathogènes, comme les virus, contrairement aux humains.

C’est le cas notamment des coronavirus (dont le SARS-CoV-2 ou les virus apparentés), mais aussi probablement des lyssavirus.

En comprenant ces mécanismes, on peut essayer d’identifier des molécules ou mécanismes antiviraux qui seraient efficaces chez l’homme, c’est ainsi le but de ces recherches sur les chauves-souris qui est proposé.

Mais au vu des circonstances liées au covid-19 le projet n’a pu être mené à terme.

Entretien de cellules non-infectées

Durant le peu de séances effectuées à l’Institut Pasteur, mon chercheur nous a fait faire des manipulations sur des cellules : N2a (moi), c’est cellules sont issues de neuroblastomes de souris, elles sont particulières car elles partagent avec les neurones humains beaucoup de caractéristiques similaires. Elles sont utilisées pour l’amplification virale et pour l’isolement à partir d’un prélèvement. Mon binôme possédait des cellules de BSR (issues de rein de hamster).

Lors d’une séance, nous avons tout d’abord décongelé les cellules, ensuite nous avons procédé à une trypsination. Ce procédé consiste à ajouter une enzyme      spéciale (la trypsine)qui va permettre aux cellules de se décoller, pour pouvoir ensuite les réensemencer. Enfin, nous avons fait la numération des cellules avec l’aide d’un microscope et d’une lame de cellules de Malassez (ou une lame Koda-slides). Tout cela, nous l’avons fait avec l’aide de notre chercheur qui nous a accompagnés et appris les démarches à suivre.

Ce stage au sein de l’Institut Pasteur m’a quand même appris énormément de chose sûre comment étaient étudiées les cellules et notamment sur les virus, malgré le fait que nous n’avons pas pu finir le projet. J’ai été étonné des règles sanitaires strictes ainsi que de l’hygiène qu’il suscite d’avoir et notamment de devoir les respecter davantage dans les laboratoires.